到了隆庆年间，大臣多次上疏要求修改《宗藩条例》，要求采取更有力的措施来抑制王室的特权，但最终都无疾而终。现在高拱复出，时机成熟，张居正便果断出手，授意礼部仪制司郎中戚元佐疏曰：
‘国初亲王、郡王、将军才四十九位，现在玉牒见存者二万九千四百九十二位，与国初相比不啻千倍，以今年全部收入供给尚不足所需之半。故请：
一、限封爵人数。亲王嫡长子袭亲王，嫡庶次子许封其三，郡王嫡长子例袭郡王，嫡庶次子许封其二；镇国将军嫡许封其一，无嫡止许庶子一人请封；其镇辅奉国中尉不论嫡庶只许封一子。凡不得封者，量给资、赐章服。
二、严继嗣资格。宗室无嗣，不得援兄终弟及之例，亦不得以弟子嗣。亲王、郡王有绝嗣者，止推一人管理府事，不得冒请复继王爵。
三、别疏属。国制郡王七世孙以下封奉国中尉。今后奉国中尉再传不必赐封，止将所生第一子给银五百两，余听自便。
四、议主君。亲王之女只封其三，郡王之女只封其二，将军中尉之女只封其一，郡县主及郡县乡君给禄外，其选配代，免给俸。各女婿不必另给冠服婚，一体听其自便。
五、议冒费。冒妄子女、革爵子女、擅婚子女，自今以后所生之子女听其自便。其擅婚子女，今后只赐名，俱不再给口粮。
其实按照张居正的想法，最好是亲王嫡子封郡王，其余子封镇国将军，以这种降等封爵之法，来减少日益膨胀的宗室世禄，然而隆庆不忍心，内阁也担心会遭致宗室震动，被利用为反对新政的借口，所以只好分步去做。但就算是这样，也足以让大明窘迫的财政缓一口气了……通过礼部和户部的重新清点核查，查出宗室冒妄、虚报人口一万七千七百六十一人，虽然大都是低级爵禄，但也可为各省节省银二百万两，粮五百万石，大大减轻了多藩省份的负担。
对于冗官冗员，张居正就没有那么客气了。此时大明主要的冗员，不是来自官府，而是来自中官、锦衣和世袭勋贵武将上，他在《议裁革冗员疏》中，制定了一个计划表，准备用五年的时间，分三批裁汰完毕，使其人数减少到国初水准。
至于财税改革，主要就是推行一条鞭法，实行租税折银，但在之前，必须进行全国范围的清丈亩，查清实际亩数与鱼鳞册之间的出入，明确每亩田地之所属，才能谈得上租税折银。
丈田的目的是清查隐田，张居正很清楚，这必然会触动勋贵、官宦、豪绅的利益，引起他们群起抵制，但他下定决心，矢志不移，坚定地将清丈运动开展下去。他写信给各地巡抚，鼓励他们放手去干，‘清丈事实百年旷举，宜及新郑与仆在位，务为一了百当。若但草草了事，可惜此时徒为虚文耳。已嘱该部科，有违限者，俱不查考，使诸公得便宜从事。’同时下令严惩阻碍清丈的勋贵豪强和清丈不力的官员。这也是张居正接下来的工作重点。
除此之外，他还力主推动币制改革，即将昔日与沈默商定，由宝钞提举司授权，汇联号和日昇隆分别在江南江北发行新版宝钞，并负责承兑。
其实张居正并不想把发钞之权交给两大票号，然而朝廷信用早就破产、财政极度窘迫，使他不得不将此权力下放。而且不管他承不承认，两大钱庄发行的银票，早就已经通行全国，现在官方承认，其实是将其纳入监管范畴，所以这样一想，也没什么不可接受的了。
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至于军事改革方面，则由沈默全权负责。与张居正类似，自他掌兵部以来，便已经按部就班的推进各方面的改革，其他诸如‘一尚四侍制度’、‘军事文官专业化’、‘优待边防官员’、‘兵部地方军事文官对调’、‘武将子弟入学受教’之类，也都是之前已经与高拱商议完备的，徐徐推行而已。比起身处漩涡的高、张二人，他的处境显得从容的多。
唯一引起不小争议的是，他提出本年罢内监校阅京营，由皇帝亲自举行‘大阅’的建议。大阅，就是大阅兵，上次大阅还是在武宗朝，至今已经近五十年没有举行过了。一经提出，便有不少大臣反对，说此乃劳民伤财之举，是沈默为讨好皇帝才出的馊主意，天下能有被你大阅兵吓住的敌人吗？有钱还不如接济一下边防军家属云云。
然而很快，那些只知道议论的家伙，就陷入了高拱整顿吏治的苦海中，都得靠沈默帮着搭救呢，哪个还敢惹他？所以再没了反对声。而隆庆皇帝，虽然对各种改革方略漠不关心，却独独对‘大阅’十分感兴趣……一方面，京城连年警讯，让皇帝不得不重视边防，另一方面，能有次披战袍、跨骏马，装一回大将军的机会，对于形同被圈养在深宫的皇帝来说，实在是太刺激了……
于是下诏，要在秋季举行大阅。诏令传开，各路将帅无不振奋，纷纷加紧操练，力求到时在皇帝面前，压倒群僚，大大的露一把脸。
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