六道佩恩攻入木叶，木叶的忍者与其进行残酷的战斗。其中一个佩恩用通灵之术召唤了一只大蜈蚣，蜈蚣追杀着平民及一部分穿着马甲的忍者。正在危机关头小樱赶到并将其秒杀。木叶被佩恩夷为平地，心痛欲绝而又无助的小樱第一时间想到鸣人，并大喊：“鸣人快回来啊！”话音刚落，本在妙木山修炼仙术的鸣人发觉异样，同蛤蟆文太等通灵兽急赶回木叶，并与佩恩激战。后雏田被佩恩重伤，小樱对其进行了治疗，雏田逐渐康复。回来的鸣人受到了大家的欢迎，小樱上前先是说：“总是这样胡来！”然后打了一拳后抱住他说：“谢谢你。”五影大会由于木叶危机时纲手昏迷至今未醒，所以团藏谋取了第六代火影的宝座。先前“鹰”小队协助晓抓捕八尾的缘故，雷影派了萨姆伊等三人与火影商讨，并得出了要抓拿佐助的决定。对此鸣人与樱极力反对，随后鸣人、小樱、井三人与雷忍奥摩伊、卡鲁伊二人展开小规模的战斗，往后鸣人等人瞒着小樱前往雷之国企图说服雷影放过佐助。佐井找到樱与她说出了鸣人对她的爱恋之情，这时小樱回忆到了很多东西，随之泪流满面。十二小强除三忍以外的其他九人展开会议，商议决定了佐助基本上已成为敌人，得知此消息的小樱，回想起了自己以往一直依赖鸣人，决定要亲自找到鸣人说明，来到铁之国的小樱与鸣人见面，同时向他作出半真半假的告白，并劝谕他放弃追寻佐助，鸣人察觉异样，以“这种玩笑一点都不好玩，讨厌对自己说谎的家伙”为由拒绝。小樱随后同佐井、牙、小李离去，开始寻找佐助。[11]第七班重聚
牙捕捉到佐助气息后，小樱想迷倒大家单独找佐助，被佐井制止。几人与佐井开战，小樱趁机迷倒众人，并在佐助要杀香磷之前赶到。面对变化巨大的佐助，小樱不寒而栗，谎说要与佐助一起背叛木叶，正思考要给佐助一击时，佐助突然向小樱出手，被卡卡西拦下，并且命令小樱带香磷退下，治疗香磷。之后再次试图偷袭佐助，却因下不了手反被佐助捉住，在佐助即将杀死小樱的时候，鸣人出现救下小樱，原第七班集合。可惜佐助仍然被仇恨迷惑，不听劝阻离去。由于战斗中被小樱持的附毒苦无划伤，在佐助离去后一度因药效发作挥发口吐白沫，小樱怀着歉意替鸣人治疗[12]。第四次忍战
樱跟着卡卡西所属的第三部队前进战场，再次遇上桃地再不斩与白。小樱根据以往和第七小队在波之国对抗再不斩的经验，提醒小李别让再不斩有机可趁。然而就在小樱待在医疗部执行治疗伤患的期间，医疗部却发生了医疗上忍遭人暗杀的事件。在针对暗杀上忍的凶手作出实力分析后，小樱识破伪装成宁次的白绝并将其打回原形，得到情报后，便将白绝的分身交给身旁的医疗忍者，并独自前往总部。[13]小樱后赶往鸣人战场，鸣人为保护众人消耗了大量九尾查克拉，小樱了解情况后，为鸣人治疗恢复体力。再听见鸣人慷慨激昂的陈词后，小樱明白鸣人把大家从心底当成伙伴，便鼓励战友们全力战斗。[14]被大蛇丸复活的历代火影赶到战场对抗十尾，战局暂缓，波风水门看到小樱为鸣人疗伤后问他是不是鸣人的女朋友，鸣人回答”我们差不多就是那样的“，引来小樱一顿暴打的场面让水门想起玖辛奈，[15]佐助来到战场，第七班复活，小樱回忆起曾经鸣人和佐助为了保护她而努力的种种，以及自己要赶上他们两人的诺言，额前出现了师傅纲手亲传的绝技百豪之印，与鸣人、佐助一起战斗。[16]小樱与鸣人佐助同时使用通灵之术，召唤蛞蝓制造出多个分身，到达每一个忍者身边，然后帮助他们治疗。[17]看到鸣人和佐助合作的样子，小樱眼角流下欣慰的泪水。佐井指出佐助目的不纯时，作出了假笑。鸣人在被宇智波斑抽走九尾后奄奄一息，我爱罗将其救下，送至小樱处抢救，但由于之前战斗中消耗过大，小樱查克拉严重不足，几乎无法维持医疗忍术，小樱近乎绝望，回想起鸣人曾经的梦想，歇斯底里地大喊，希望唤醒鸣人。为了保住鸣人的性命，小樱一遍打开鸣人胸口，挤压他的心脏以维持血液循环，一边为鸣人实行口对口人工呼吸。小樱和鸣人一起被传送到带土写轮眼的异空间后，看着带土对鸣人传送尾兽查克拉。鸣人复活后，目送其离开。并且对残害过同伴的带土说:感谢你救了鸣人。带土说自己快要控制不了黑绝了，要求小樱毁掉自己的轮回眼时，斑夺取卡卡西的写轮眼后进入异空间，对两人发动攻击!带土在千钧一发之际将小樱送出异空间，原第七班全体成员集合。斑夺取了带土的轮回眼与黑绝一同出现在小樱他们的面前。在斑强大的瞳力影响下，小樱不禁害怕得退后了几步，望着依旧站在自己眼前的佐鸣的背影，小樱回想起自己的誓言，下定决心不再后退，于是解开了阴封印以佯攻为目的冲向了斑，却被斑用六道黑棒贯穿身体，处于不死之身状态的小樱并无大碍，用怪力的拳头挥向斑却发现自己的眼前仿佛有看不见的墙壁而完全打不到斑，斑准备发动攻击，佐鸣关键时刻抵挡了斑的影子救下了小樱。斑称余兴时间到此为止，随后发动无限月读，全世界的人均被无限月读控制，只有秽土转生的四位火影和在佐助须作能乎的保护下的第七班能不受影响。[18]无限月读光芒减弱后四人从须佐能乎中出来、但此时黑绝突然自称是大筒木辉夜的意志、将斑的身体贯穿。辉夜复活后发动了术使卡卡西和小樱险些掉入岩浆中，最后卡卡西用一端系着苦无的卷轴和鸣人的帮助成功脱险，小樱的护额掉入岩浆中。但佐助对卡卡西和小樱态度的冷漠和鸣人的想法形成了巨大的反差。而后为帮助带土救出困在异度空间的佐助与鸣人分身在辉夜一时大意一起入侵了异度空间里。在空间里，小樱开启了百豪之术注入带土身体因输给过多查克拉，体力不支即将倒下之时被佐助抱住。原来空间出口即将关闭之时，以小樱先前脱下马甲做空间互换，成功逃脱！带土在辉夜的时空间里找到了佐助并带到了鸣人跟前，但却被辉夜的尸骨脉击中牺牲，卡卡西得到了带土馈赠的双眼并使用完全体须佐能乎救了小樱一命，随后卡卡西传给原第七班成员作战计划，四人在与辉夜的战斗中取得了上风。
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