于家军在随后展开的清、理之中，抓获了起码数千留在城中没有逃走的官兵，这些人之中不少家伙都在城中做了不少恶事，于是于孝天立即下令，将其中罪大恶极的一部分家伙，直接拉到街头，就地斩首示众。
一时间城中杀的是人头滚滚，受害的百姓为之大为拍手称快，并且检举出了不少躲在民户家中的溃兵，于家军立即派人将其擒拿归案，该杀的杀，该送到临时苦役营的送到临时苦役营，还顺带抄了不少在城中有私宅的兵将的宅子，起获了不少财货。
随后于孝天便根据情报部门提、供的一份名单，签署了一份通缉令，开始进行全城搜捕，其中包括薛国观、高起潜等人，一共开列出来了一份一百余人的名单，令部下严格按照名单进行查抄搜捕。
于孝天为了避免重蹈历史上李自成入京之后的覆辙，对于入京的兵将下达了最为严厉的禁令，禁止任何人在没有军令的情况下，擅闯民宅，私自抄没私产，更不得淫辱妇人，一旦有人违规，就立即就地处决，绝不容情。
于家军军纪本来就相当不错，再加上于孝天颁布了这么严苛的军令，于是军纪更加森然，极少出现有于家军兵将闯入民宅祸害百姓的事情，但是也存在个别的兵将，想要趁乱捞一把，可是往往他们只要一伸手，就会被纠察逮住，直接抓回兵营之中，先是痛打一顿，接着该杀的杀，该削去军职的削去军职，只用了几天时间，便彻底稳住了京师城中的局势。
而外城的战事在于家军攻入内城之后的第四天上午，也宣告结束，驻守外城的官军在得知内城全面失守之后，心知无法继续抵抗下去，要么有些军将选择了投降，要么有些军将便选择了逃离京师。
这么一来，于孝天只用了数天时间，便将京师全面控制在了他的手中，并且将城中一大批富有恶名的官吏以及勋戚抓捕了起来，一共查抄了将近二百个宅院，从这些贪官污吏家中，起获了大量的银两，其中仅仅是从薛国观家中，就起获了白银三十多万两，可见的薛国观这家伙这两年，在京师暗中收受了多少贿赂。
经过连日的搜捕，高起潜这家伙也终于落网，这厮在得知朝阳门眼看不保的时候，立即便脱去了身上的衣袍，换了一身早已准备好的便服，带着几个亲信手下，撒丫子就溜到了城中一个他早先私下里偷偷购置的小院子里面躲了起来。
高起潜这家伙很滑头，购置的这个宅子，几乎没有几个人知道，只有他亲信的几个手下知道这个宅子的地点，另外他在宅子里面安排有两个很贴心的小太监暗中等候他的到来，并且在宅子里面提前藏了不少的吃喝的东西。
高起潜跑到了这个宅子之后，立即关上了宅门，他自己和亲信手下们都闭门不出，每天只派一个妇人，出门打听一下消息。
原本于家军想要抓住高起潜是很有难度的事情，因为城中很混乱，没人知道高起潜到底是藏在了城中，还是已经趁乱逃离了京城。
所以于孝天在下令搜捕高起潜的时候，并没有指望着能把高起潜抓住，但是没想到的是天都不照顾高起潜，这家伙也算是命中该绝，一队于家军兵将，在街上追捕几个作乱的地痞的时候，这几个地痞被追急了，慌不择路之下，居然翻、墙跳入了高起潜所在的那个小院之中。
随后赶到的于家军兵将破门而入，本来是要抓着几个地痞无赖的，可是撞开了门之后，却发现院子里面的几个人看上去像是太监，于是当即将其拿下审问了一番，结果无意之中，居然把高起潜给挖了出来。
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