粗略的估算了一下，从战斗打响那一刻起，被己方杀死的人已经不下一千人了，照这么下去，长崎城里的人早晚要被杀光，这么下去恐怕邓大人那边会不同意，就连皇上那边都不好交代。留在长崎城内的人，基本上已经是陷身于一片火海，在不断的炮击中，没有人敢于出来救火，半个长崎城都在燃烧，但是依旧没有找到任何大规模武装力量存在的迹象。
“他，看你们这帮倭奴躲到什么时候！”林泰曾暴怒着喝骂道：“给传令，狠狠地打，直到把子弹打光为止，不必留情。”
刘冠雄有些担忧的说：“大人，这么下去，长崎城里的平民就会全部被咱们杀光，回头皇上可能会怪罪咱们，为了稳妥起见，咱们还是向皇上请旨之后再行定夺吧。”
林泰曾找到邓世昌经过商议之后，又与准备在熊本登陆的张作霖发电联系，张作霖也觉得此事非同小可，必须向皇上请旨，于是林泰曾和三人代表联名向北京致电，很快就得到了皇帝的御笔回复：今后兹事不必再议，倭人凶顽，自古扰我边疆，觊觎我中华河山，此番会猎于东瀛，凡挡我者，一律杀无赦，不必再行请旨。钦此。
有了皇上这道旨意，大家心里总算是有了一个护身符，皇上的意思很明确，就是不必顾忌什么平民和士兵，只要肝胆公然对抗中华大军的，一律格杀勿论。
林泰曾当即向下令：对于长崎倭人不分男女老幼，一概格杀勿论。
于是，率领海军陆战队员一万五千人开始了为期三天的长崎血腥大屠杀！
第一天。海军陆战队的主要任务还是搜寻失踪的三万多长崎守军，并没有发动针对平民的屠杀，即使是这样，在炮火和误伤中死伤的人也达到了近两千人之多。
第二天。一声令下，要求对长崎城的所有人采取灭绝政策。于是登陆的一万五千人陆战队员分成了五股，分别向肥前古岳、津屋岳、现川、帆场岳、前岳这五个长崎主要地区展开搜索和屠杀任务。
除了个别地或小规模地对居民随时随地杀戮之外，还对解除了武装的军警人员进行若干次大规模的“集体屠杀”大规馍屠杀方法有机枪射杀、集体活埋、甚至为了节省子弹，把数百人集中在一起，浇上汽油和柴油，用火焰喷射器一次性焚杀等。
这一天，也就是8月25日上午11点，已放下武器的军警人员1000余人被集体解赴现川的琴平神社用机枪密集扫射，绝大部分人当场被击毙，负伤未死者亦与死者尸体同样遭受焚化。
下午2点30焚，解往山之神神社平民及已解除武装的军人4000余人被以迫击炮集中轰炸的方式屠杀。同日下午又在津屋岳一带屠杀3千余人。在长崎北路工事群附近枪杀200人。
第三天。8月26日。位于间之濑中央公民馆躲避的男女平民5000余人被集体押往长崎河南岸码头，双手反绑，排列成行。用机枪射杀后，弃尸于长崎河中。
陆战队在正念公民馆屠杀400余人。当天晚上，平民3000余人被押至长崎港海边集体射杀，并用燃烧弹焚尸。在开目寺避难的400余平民被集体射杀。
当晚10点左右，在西川内，将从长崎城逃出被拘囚的男女老幼平民共5418人，除少数已被饿死或打死，全部用铅丝捆扎，驱集到西川内垃圾场，用机枪密集扫射，并对倒卧血泊中尚能呻吟挣扎者以乱刀砍戮，事后将所有尸骸浇以煤油焚化。
以上便是三天的屠杀情况，在大规模屠杀之外，也第一次放开军令，默许所有士兵对妇女实施暴行。在第一天士兵们畏惧军纪，没有发生一起强暴事件。到了第二日屠城令一下，在长崎各地区强暴妇女事件开始零星的发生了几起，但并没有下令约束，于是此类事件开始疯狂的暴涨起来。长崎城中的五万多名妇女，有将近一半的人被强暴了几次，陆战队员们这一次终于从女人身上找到了战争的回报，不分昼夜并在受害妇女的家人面前施行强暴，往往有妇女受不住折磨而死。上到六十岁下至十一、二岁的女人几乎全部成为中国人的猎暴对象。但是只明令一点，所有被施暴的女人全部都要被杀死，严禁士兵有藏匿行为，一经发现，立即军法从事。
一位来自英国的传教士彼得在日记中记录了令人发指的一幕。
“在三天之内，中国人正义、友好的形象就被接连不断的屠杀人民、不时发生的肆意抢劫、毫无控制的侵犯私宅、横行无忌的妇女所断送了。长崎各条街道都躺着市民的尸体。在市中心，差不多每一个街区都有一具尸体。这些死去了的市民的绝大部分，都是26日下午及晚上中国陆战队下达屠杀令之后被枪毙或刺杀的。任何一个因恐慌或冲动而奔跑的人，任何一个于天黑以后在大街小巷为巡逻兵所逮捕的人，都很可能被当场杀害。这种暴行绝大多数没有任何站得住脚的理由，却在安全区及其它地方频频发生。许多外国人目睹了种种惨状，有些尸体上的刺刀伤痕简直是残酷的野蛮人所为。”
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