就在几天之后，捷报传来，佐贺、久留米两藩率军依次攻下了小城、唐津、平户三藩，取得了胜利。因为投降了中华军的大名也都想着尽快立功，而且还有这三个藩的土地、人口这些实惠，因此也都非常卖力，再加上这三个藩都是小藩，没多大实力，结果大军一到，就被平灭了。
而就在这时，中华军的补济船队也到达了九州，不仅带来了大量的弹药物资，而且还把第九军剩下的一个旅也送到了曰本。同时在另一线，北京军区的第十一军和北洋舰队的第二分舰队组成的北路军也在曰本本州岛的西南部登陆。两路中华军都已到达日本战场。
北路军到达曰本确实非常极时，因为经过了两个多月的战斗之后，幕府军以付出了一万三千多人的惨痛代价，终于攻克了长州藩的藩治荻城。
但在城破之前，长州藩发挥自已的水军优势，及时的将大部的剩余士兵和物资通过海路，转运到本州岛西南的下关，继续抵抗幕府的进攻。也正因为如此，才使长州藩赢得了足够的时间，终于等到了中华军到达曰本参战。
中华军的北路军从朝鲜的釜山出发，横渡了对马海峡，首先占领了对马岛，并且在这里正好遇到三艘荷兰战船。
原来长州藩从海路撤离了荻城之后，酒井忠胜也意识到了自己缺少海上力量，难以对长州藩造成致命的打击，因此才调荷兰战舰来助战。而在前一段时间，三艘荷兰战船一共打劫了二十余中国商船，到是狠赚了一笔，虽然后来就再也没有中国商船来曰本了，但这一趟也赚大发了，现在正停泊在横须贺一带，接到了酒井忠胜的调令之后也不敢怠慢，立刻扬帆启航，赶到长州来参战。
虽然荷兰战船只有三艘，但每一艘都是五百吨级以上，装配的火炮少则四十门，多则六十余门，对付曰本的老式战船，当然是绰绰有余，因此荷兰官兵们也信心十足，而且长州藩是个大藩，一但打下了长州藩之后，又可以得一笔大财，这样的好事，又何乐而不为呢？
那知这一次荷兰战舰却是走了背运，三艘战船刚刚绕过下关海峡，就遇上了中华军的大队战船，想转舵也来不及了，结果三艘荷兰战船遭到十几艘中华军的战船围攻，有一艘船被击沉，另两艘被击伤，眼见着大势已去，剩下的两艘荷兰战船只能选择投降。
取得了海战的胜利之后，中华军的船队立刻乘胜进军，在本州岛的西南沿海地区登陆。
这时幕府军正在进攻下关，得知荷兰战舰被击败，中华军己在本州登陆之后，酒井忠胜也大吃一惊，虽然说酒井忠胜是主张对中国强硬，但现在他所带领的幕府军只有三万余人，这么一点当然不敢与中华军交战，因此立刻停止了对下关的进攻，率军撤回到大阪驻守，然后只身返回江户去准备招集更多的兵力，再与中华军决战。
而长州藩也终于熬过了最艰难的时刻，迎来了转机，就在中华军登陆之后，藩主毛利广纲立刻从下关出兵，双方汇合，首先收复了被幕府军攻占的萩城，随后又进而攻取了山口，基本收复了长州藩的所有地盘。而就在这同时，中华军的南路军也占领了整个九州岛，曰本的整个西南地区也全部落入到中华军的控制之中。日本的内战，也进入到一个新的阶段。
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